Depuis le 1er septembre 2026, toutes les entreprises doivent être en mesure de recevoir des factures électroniques, et l'obligation d'émission est progressive. Pour le cabinet médical, une exception change tout : les actes de soins, exonérés de TVA, n'entrent pas dans le périmètre de la réforme.
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CONTEXTE
La réforme de la facturation électronique s'applique aux opérations d'achat et de vente de biens ou de prestations de services réalisées entre entreprises établies en France et assujetties à la TVA. Les factures transitent désormais par une plateforme agréée, dont la liste est consultable sur impots.gouv.fr. Les règles de fond en matière de TVA, d'obligations déclaratives et de délais de paiement ne changent pas. Les opérations avec des particuliers ou des clients établis à l'étranger ne relèvent pas de la facturation électronique, mais leurs données doivent être transmises à l'administration fiscale dans le cadre du e-reporting. Cette règle générale connaît une exception décisive pour le cabinet médical : les actes de soins exonérés de TVA n'entrent pas dans le périmètre de la réforme.
CE QUI EST CONFIRMÉ
Depuis le 1er septembre 2026, toutes les entreprises doivent pouvoir recevoir des factures électroniques. L'obligation d'émission s'applique le 1er septembre 2026 aux grandes entreprises et aux entreprises de taille intermédiaire, puis le 1er septembre 2027 aux micro-entreprises et aux PME.
Les entreprises doivent cartographier leurs flux de facturation, adapter leurs procédures internes et choisir une plateforme agréée. Cette plateforme assure l'émission, la réception et la transmission des factures électroniques ainsi que de certaines données à l'administration fiscale. Celles qui n'ont pas encore désigné de plateforme doivent le faire, directement auprès d'une plateforme agréée ou par leur logiciel de gestion, leur logiciel de comptabilité, leur expert-comptable, leur banque ou un autre prestataire.
La facturation électronique concerne les opérations entre entreprises assujetties à la TVA et établies en France. Les actes de soins, exonérés de TVA au titre de l'article 261, 4, 1° du code général des impôts, « n'entrent pas dans le périmètre de la réforme », selon la foire aux questions de la DGFiP.
Selon le ministère de l'Économie, aucune sanction ne sera appliquée aux entreprises qui rencontrent des difficultés pendant la phase de démarrage, qui couvre la fin de l'année 2026. Un numéro national d'assistance, le 0 806 807 807, est ouvert, et la DGFiP met à disposition un guide intitulé « Facturation électronique : guide pratique de démarrage au 1er septembre 2026 ».
CE QUI POSE QUESTION
Ni la page de Service Public Entreprendre ni le communiqué du ministère de l'Économie ne mentionnent l'exception des actes de soins. Lus seuls, ils laissent croire au médecin qu'il devra émettre des factures électroniques en 2027 et transmettre ses recettes de consultation au e-reporting : ce n'est pas le cas, les actes de soins étant hors du périmètre de la réforme.
Les actes qui échappent à l'exonération, comme certaines expertises ou certains certificats sans finalité de soin, restent en revanche dans le champ, et aucune des pages officielles consultées n'en donne la liste. Aucune ne précise non plus les sanctions applicables après la phase de démarrage, ni les modalités de contrôle des plateformes agréées.
L'IMPACT FINANCIER & ORGANISATIONNEL
Pour la quasi-totalité de l'activité d'un généraliste, la réforme se résume à une obligation : recevoir. Depuis le 1er septembre 2026, le cabinet doit avoir choisi une plateforme agréée pour recevoir les factures de ses fournisseurs, énergie, accès internet, matériel ou logiciels ; la DGFiP prend explicitement l'exemple du médecin généraliste. Le seul investissement est cet outil de réception, et il n'impose pas de changer de prestataire : la réception peut passer par le logiciel de gestion ou de comptabilité, l'expert-comptable ou la banque que le cabinet utilise déjà.
2 situations font toutefois entrer le cabinet dans l'émission, au 1er septembre 2027 pour les micro-entreprises et les PME : les actes taxables hors soins, et la collaboration libérale, dont la redevance versée au titulaire doit faire l'objet d'une facture électronique selon la DGFiP. Le remplacement n'y entre pas : la rétrocession d'honoraires reste liée aux actes de soins.
LE REGARD DU CERCLE
Pour le généraliste, cette réforme est d'abord un marché qu'on va chercher à lui vendre. Ses actes de soins sont hors du périmètre : pas de facture électronique à émettre, pas de recettes de consultation à transmettre. Le cabinet n'a qu'une obligation immédiate, recevoir les factures de ses fournisseurs par une plateforme agréée, et il doit la remplir sans surpayer, en commençant par les outils qu'il a déjà. La tolérance annoncée jusqu'à fin 2026 porte sur les difficultés de mise en œuvre, pas sur l'obligation elle-même : ce n'est pas une raison d'attendre. Toute offre qui promet de « mettre le cabinet en conformité » en facturant l'émission et le e-reporting des consultations vend un service inutile. Les 2 vrais points de vigilance sont ailleurs : la redevance de collaboration, qui passera en facture électronique en 2027, et les actes taxables hors soins, à identifier dès maintenant.
RECOMMANDATIONS
Médecin généraliste libéral : assurez-vous que votre cabinet a désigné une plateforme agréée pour recevoir les factures de vos fournisseurs, au besoin par votre logiciel de gestion ou votre expert-comptable, et refusez toute option payante d'émission ou de e-reporting pour vos actes de soins, qui sont hors du périmètre de la réforme.
Médecin exerçant en SEL ou SCP : confirmez auprès de votre expert-comptable que la structure est couverte pour la réception avant la fin de la phase de tolérance annoncée jusqu'à fin 2026.
Médecin titulaire accueillant un collaborateur libéral : préparez avec votre expert-comptable l'émission d'une facture électronique pour la redevance de collaboration avant le 1er septembre 2027.
Médecin réalisant des expertises ou des certificats hors soins : faites identifier par votre comptable ceux de ces actes qui sont soumis à la TVA ; ce sont eux, et eux seuls, qui entreront dans la facturation électronique ou le e-reporting au 1er septembre 2027.
